Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών έχει ως αντικείμενο την εξειδίκευση επιστημόνων πτυχιούχων γεωτεχνικών και άλλων εφαρμοσμένων επιστημών στον ευρύτερο τομέα του ποιοτικού ελέγχου των τροφίμων (με έμφαση στις αρχές ποιοτικού ελέγχου και της ασφάλειας των τροφίμων που φτάνουν στο πιάτο του καταναλωτή).

 Οι στόχοι του προγράμματος είναι οι εξής:

•          Εφοδιασμός αποφοίτων (κυρίως γεωτεχνικών, βιολογικών επιστημών, επιστήμης και τεχνολογίας τροφίμων, επιστήμης της διατροφής, χημικών μηχανικών) με τις απαραίτητες γνώσεις σχετικά με τις σύγχρονες εξελίξεις στον τομέα της ασφάλειας και του ποιοτικού ελέγχου των τροφίμων .

•          Κατανόηση των βασικών αρχών ασφάλειας των τροφίμων και διαχείριση της ποιότητας τους.

•          Κατανόηση της ευρύτερης φιλοσοφίας των αναγκών του σύγχρονου καταναλωτή για κατανάλωση πιστοποιημένων κι ασφαλών τροφίμων.

•          Κατανόηση των αρχών και κανόνων της εφαρμογής του ποιοτικού ελέγχου των αγροτικών προϊόντων και τροφίμων.

•          Κατανόηση των μεθόδων ασφαλούς παραγωγής, επεξεργασίας, συντήρησης και τυποποίησης τροφίμων (από την παραγωγή στην κατανάλωση)

•          Κατανόηση συστημάτων διαχείρισης και διασφάλισης της ποιότητας των αγροτικών προϊόντων και τροφίμων.

•          Προετοιμασία για μεταπτυχιακές σπουδές διδακτορικού επιπέδου.